根据《条例》第十五条规定，海关可以根据权利人的申请，扣留涉嫌侵权的进出境货物。经商标权人申请，海关决定扣留涉嫌侵权货物的，应当制作海关扣留凭证，交付收货人或者发货人，并书面通知申请人。申请人有权在海关书面通知送达之日起15日内将侵权争议提交商标主管机关处理或者向人民法院提起诉讼。收发货人认为进出口货物未侵犯申请人商标权的，应当自海关扣留凭证送达之日起7日内向海关提交书面说明。收货人或者发货人未提出异议的，海关经调查有权将被扣留的侵权嫌疑货物作为侵权货物处理；提出异议的，海关应当立即书面通知申请人。

海关有权扣留涉嫌侵犯商标权的进出境货物。海关扣留侵权嫌疑货物时，还应当制作扣留凭证，送达收货人或者发货人，并立即书面通知商标权人。权利人应当自通知送达之日起3日内提出商标保护申请并按规定提交保证金，或者向海关书面声明放弃请求海关采取保护措施的权利并说明理由，或者向海关书面声明被扣留的货物不构成侵权。按照规定要求海关采取保护措施的，海关应当依法对涉嫌侵权货物进行调查处理；货主或者其代理人逾期不答复的，海关可以放行被扣留的货物。

根据海关权利人的申请或者由海关扣留侵权嫌疑货物的，应当自扣留之日起15日内对被扣留的侵权嫌疑货物及相关资料进行调查。但侵权纠纷当事人已将侵权纠纷提交商标主管机关或者向人民法院提起诉讼的，海关应当终止调查；海关认为有犯罪嫌疑的，也应当终止调查，移交有关机关调查。在调查海关扣留的侵权嫌疑货物及相关资料时，商标权人应当提供必要的协助。

收发货人认为进出口货物未侵犯申请人商标权的，可以在向海关提交相当于进口货物到岸价格或者出口货物离岸价格两倍的保证金后，请求海关放行有关货物。货物放行前，海关应当封存从中提取的样品，由海关和收发货人在封条上加盖印章或者以其他方式确认。根据规定，收发货人未按规定对海关扣留货物提出异议的；未按要求提交保证金的；被海关扣留的货物同时具有其他非法性质的；人民法院已作出财产保全裁定，不符合其他海关放行条件的，海关不受理发货人的侵权嫌疑货物放行申请。

被扣留的侵权嫌疑货物，经海关或者商标主管部门调查排除侵权嫌疑货物，或者经人民法院判决、裁定排除侵权嫌疑货物，或者当事人未在规定期限内向人民法院提起诉讼，人民法院不受理诉讼，人民法院未作出财产保全裁定的，海关可以放行。 或者商标所有人未在规定时间内回复海关扣留侵权嫌疑货物通知书或者放弃商标权海关保护的。 海关因上述原因放行货物的，应当书面通知权利人或者其代理人，并在扣除仓储保管费用后退还其提交的保证金

被扣留的侵权嫌疑货物经海关、商标主管部门或者人民法院认定为侵权货物的，由海关予以没收。对海关根据收发货人申请已经放行的侵权货物(且保证金已向海关提交)，海关予以追缴没收；无法追回的，海关可以向收发货人追回相当于进口货物到岸价格或者出口货物离岸价格的价款。海关没收侵权货物或者追回等值价款的，应当向收发货人发出处罚决定书。

海关没收的侵犯商标专用权的货物，侵权商标无法消除的，予以销毁；商标侵权行为能够消除且相关商品能够使用的，侵权商标将被消除，相关商品只能用于社会公益事业或者依法拍卖给非侵权人自用。其他侵权货物按照国务院的有关规定处理。

根据规定，海关的决定、商标主管机关的决定或者人民法院的判决、裁定生效后，海关应当在扣除被扣留货物仓储、保管、处置的相关费用，以及因权利人申请不当给当事人造成损失的赔偿费用后，退还当事人提交的保证金。其中，因权利人申请不当给当事人造成的赔偿费用数额，根据人民法院的判决或者裁定确定；货物扣留期间的仓储保管费用和侵权货物处置费用，按照实际支付的金额确定。收货人、发货人、权利人提交的保证金不足以支付货物保管、储存、处置费用和追偿侵权货物等值价款的，海关有权予以追偿。

海关受理商标保护备案申请并采取商标保护措施后，商标权利人未发现侵权商品、未及时采取保护措施或者采取保护措施不当的，海关不承担责任，由商标权利人自行承担责任。商标权利人与收货人或者发货人之间的民事纠纷，当事人依法选择司法、仲裁或者其他方式解决的，海关不予受理。